Alain Le Ninèze est né à dans le Sud-Ouest à Agen, ville où il passe sa jeunesse, en alternance avec la Bretagne, jusqu’à son baccalauréat obtenu en 1966. Admissible à l’Ecole Normale Supérieure en 1968, il se tourne vers l’action politique dans la mouvance des évènements de mai. Agrégé de lettres classiques en 1971, il enseigne alors dans divers collèges et lycées de la banlieue parisienne. En 1989, il devient inspecteur pédagogique régional des lettres, fonction qu’il exerce dans les académies de Toulouse, Orléans-Tours, Versailles puis Paris.
Son parcours d’écrivain l’oriente d’abord vers des essais et des fables philosophiques. Marqué par sa culture classique autant que par la pensée orientale qu’il découvre à l’occasion de ses voyages en Asie, notamment en Inde, il explore les grands courants des sagesses de l’Antiquité gréco-latine et orientale en les confrontant aux interrogations de l’homme contemporain : La Sagesse, Autrement, 2000; Petites fables de sagesse pour temps incertains, Autrement, 2002. Il s’oriente ensuite vers le roman historique. Dans Sator (Actes Sud, 2008), il raconte la vie des premiers chrétiens à Jérusalem et à Rome au temps de Néron; dans La Controverse de Bethléem (Actes Sud, 2009), il pose la question de la traduction du Nouveau Testament en évoquant le personnage et la vie de l’auteur de la Vulgate latine, saint Jérôme.
Ses deux derniers romans (Agla, Actes Sud, 2012 et Libica, Actes sud, 2014) portent sur la Renaissance.
Des essais sur les sagesses antiques aux romans sur l’histoire chrétienne, Alain Le Ninèze s’est rapproché du christianisme, même s’il se définit aujourd’hui comme agnostique.